Evaluation of the antimicrobial susceptibility testing process in clinical microbiology laboratories at Niamey, Niger

Background: Risk assessment is the means of identifying and evaluating potential errors or problems that may occur in testing process. The aim of this study was to perform risk assessment of antimicrobial susceptibility testing (AST) process in clinical microbiology laboratories of Niamey, Niger Republic. Methodology: We conducted a descriptive cross-sectional study from October 1 to December 31, 2019, to evaluate AST performance in seven clinical microbiology laboratories at Niamey, the capital city of Niger republic. The evaluation focused on the determination of the criticality index (CI) of each critical point (frequency of occurrence of anomalies, severity of the process anomaly, and detectability of the anomaly during the process) in the AST process and the performance of the AST through an observation sheet using two reference strains; Escherichia coli ATCC 25922 and Staphylococcus aureus ATCC 29213. Results: The criticality index (CI) was greater than 6 for most of the critical points related to material, medium, equipment, method and labour for the AST process in all the laboratories. A range of 18-100% errors on the inhibition zone diameters of the reference strains were observed. Major and/or minor categorization (Sensitive S, Intermediate I and Resistance R) discrepancies were found at all the laboratories for either one or both reference strains. The antibiotics most affected by the S/I/R discrepancies were trimethoprim (100%), vancomycin (100%), amoxicillin (80%) and amoxicillin + clavulanic acid (70%). Conclusion: This study showed a deficiency in the control of critical control points that impacts the performance of the AST reported by the laboratories in Niger. Corrective actions are needed to improve the performance of AST in clinical microbiology laboratories in Niger

Campylobacter Spp. epidemiology and antimicrobial susceptibility in a developing country, Burkina Faso (West Africa)

Data on campylobacteriosis are almost nonexistent in Burkina Faso. In this study conducted from 2006 to 2008 in Ouagadougou; stool specimens and sociodemographic data were collected from 1 246 patients attending the university teaching hospital for enteritis. Stool samples were analyzed for the presence of Campylobacter by the direct culture method on selective mCCDA agar followed by antibiotic susceptibility testing on the isolated strains. The isolation rate of Campylobacter was 2.3;comprising of the following species C. jejuni (51.8); C. coli (13.8); and C. upsaliensis (3.5). However; 30.9of the isolates were unidentified. No resistant strain was found to gentamicin. The resistance to amoxicillin+clavulanic acid (3.4) was lower than those (10.3-34.5) to the other antibiotics: erythromycin (10.3); tetracycline (10.3); ciprofloxacin (13.8); amoxicillin (24.1) and ceftriaxone (34.5); nalidixic acid (34.5). Significant associations were found between Campylobacter enteritis and contact with animals (P=0.03); and HIV infection (P0.0001); in contrast to other sociodemographic and seasonal factors. From the data obtained Amoxicillin+clavulanic acid appear to be the first choice for treatment. The implementation of a national program may be helpful in controlling the spread of the disease and the increase of resistance to antibiotics

Mycobacterium tuberculosis Drug-Resistance in Previously Treated Patients in Ouagadougou; Burkina Faso

Background: Tuberculosis drug-resistance becomes common in sub-Saharan Africa; however; very few data are available in Burkina Faso. The aim of this study is to assess the acquired resistance of Mycobacterium tuberculosis complex strains identified in TB patients to four first-line drugs in Ouagadougou. Methods: One hundred and ten (110) pulmonary tuberculosis patients with acid-fast bacilli-positive sputum and in situation of failure; relapse; or treatment abandonment were included in the study. Ninety six strains; including 92 (95.8) M. tuberculosis and 4 (4.2) M. africanum; were isolated from the sputum samples of these patients. Their drug susceptibility testing was performed using the proportion method. The first-line drugs tested were isoniazid (INH); streptomycin (STR); ethambutol (EMB); and rifampicin (RIF). Results: The overall drug-resistance rate of M. tuberculosis was 67.4(n=60); including 3.4to one drug; 18to two; 10.1to three; and 35.9to four drugs. The resistance to INH; RIF; EMB; and STR were 67.4; 51.7; 50.6; and 44.9; respectively. Two strains of M. africanum were resistant to all drugs. Forty-six (51.7) strains were multidrug-resistant (resistant to at least INH and RIF). Conclusions: In previously treated patients; the level of resistance of M. tuberculosis complex to commonly used anti-tuberculosis drugs is very high in Ouagadougou. Our results showed that multidrug-resistant tuberculosis could be a public health problem in Burkina Faso

Aspects épidémio-cliniques des pneumopathies aigues bactériennes de l'adulte au CHU Yalgado Ouedraogo

Introduction : Les pneumopathies bactériennes sont des infections respiratoires basses par atteinte du parenchyme pulmonaire, dont l'agent étiologique est une bactérie autre que le bacille tuberculeux. En pratique, le traitement repose sur une antibiothérapie probabiliste. Ce qui requiert une connaissance de l'épidémiologie des germes responsables dans une région donnée, à un moment donné. Patients et méthode : Ainsi afin de mieux appréhender essentiellement les aspects bactériologiques et thérapeutique des pneumo-pathies bactériennes de l'adulte au Burkina Faso, nous avons réalisé une revue documentaire de deux ans. Résultats : Les germes les plus fréquemment identifiés ont été respectivement Streptococcus pneumoniae (32,6%), Klebsiella pneumoniae (21%) et Staphylococcus aureus (13,9%). Les bactéries Gram négatif ont représenté 53,5% des germes isolés et l'Acinetobacter n'a été retrouvé que chez les patients à sérologie VIH positive. Le streptocoque a été sensible à l'association amoxicilline + acide clavulanique dans 91,7% des cas, à la ceftriaxone dans 83,3% des cas, à l'ampicilline et à l'amoxicilline dans 66,7% des cas. L'évolution clinique de nos patients a été favorable dans 74,5% des cas et soldé par un décès dans 21,8% des cas. L'évolution était significativement plus défavorable chez les patients éthyliques (p=0,001), ainsi que les malades tabagiques (p=0,02).Conclusion : La forte morbi-morbidité par pneumopathie aigue pourrait être améliorée grâce à une meilleure connaissance et à une mise à jour régulière de l'écologie bactérienne locale

Aspects epidemio-cliniques des pneumopathies aigues bacteriennes de l'enfant au CHU Yalgado Ouedraogo

Introduction : Les infections des voies respiratoires basses constituent un probleme de sante publique et sont un motif tres frequent de prescription d'antibiotiques . Chez les enfants d'Afrique; elles sont le principal facteur de morbidite (50des causes de frequentation des structures sanitaires) et de mortalite (environ 20de la mortalite infantile). En pratique; l'antibiotherapie; generalement probabiliste; repose sur la connaissance de l'epidemiologie des germes responsables dans une region donnee; a un moment donne. Le but de cette etude etait de d'evaluer les Aspects epidemio-cliniques des pneumopathies aigues bacteriennes de l'enfant au CHU Yalgado Ouedraogo. Patients et methode : Il s'agit d'une etude retrospective de type descriptif; portant sur les dossiers des patients hospitalises dans le service de Pediatrie du CHUYO du 1er janvier 2005 au 31 decembre 2006. Resultats : Au total; 5.803 patients dont 658 cas de pneumopathies aigues bacteriennes (11;3) ont ete hospitalises dans le service de Pediatrie. En plus de la pneumopathie aigue bacterienne; 254 patients ont presente une autre affection associee. La malnutrition proteino-calorique etait la plus frequente (59;7); suivie de l'anemie (36;6). Les germes les plus frequemment identifie ont ete respectivement Streptococcus pneumoniae (29;3); Klebsiella pneumoniae (29;3) et Staphylococcus aureus (25). Le streptocoque a ete sensible a l'association amoxicilline + acide clavulanique dans 66;7des cas; a la ceftriaxone dans 57;1des cas. Il a ete resistant a 100a l'ampicilline et a l'amoxicilline. L'evolution clinique de nos patients a ete favorable dans 90des cas et solde par un deces dans 5;5des cas. Conclusion : Les pneumopathies touchent surtout les enfants de moins de 2 ans avec un terrain debilite par la malnutrition proteino-calorique et l'anemie. La forte morbi-mortalite liee a cette pathologie pourrait etre amelioree grace a une meilleure connaissance et a la mise a jour reguliere de l'ecologie bacterienne locale

Drug Resistance of Mycobacterium tuberculosis Complex among Newly Diagnosed Tuberculosis Cases in Burkina Faso

BACKGROUND:In Burkina Faso; there is no recent data about the level of drug resistance in Mycobacterium tuberculosis strains among newly diagnosed tuberculosis cases. OBJECTIVE: To provide an update of the primary drug resistance of mycobacterium tuberculosis among patients in Burkina faso. METHODS: Mycobacterium strains were identified in 323 newly diagnosed tuberculosis patients between April 2005 and September 2006; and their susceptibility to isoniazid; rifampicin; streptomycin; and ethambutol was determined according to the proportions method. Among these patients; 243 accepted voluntarily to be tested for antibodies to HIV. RESULTS: The age range of the patients was 11 and 75 years and included 221 (68.4) males and 102 (21.6) females. The isolates included 314 (97.2) M. tuberculosis; eight (0.3) M. africanum and one M. bovis. Thirty-nine (12.4) of the M. tuberculosis strains were resistant; with 7.3resistant to one drug; 2.9to two drugs; 0.3to three drugs and 1.9to four drugs. In total 3.2of the isolates were multidrug-resistant (MDR). One isolate of M. africanum was resistant to all drugs while the single strain of M. bovis was sensitive to all the drugs. Among the 243 patients tested for HIV 77 were positive. However; there was no relationship between drug resistance and gender; age group or HIV serostatus of the patients. CONCLUSION: The resistance rate of M. tuberculosis strains to all the four drugs tested (12.4) and the rate of MDR (3.2) are high. These results demand an increased effort by the National Tuberculosis Program to limit the spread of MDR strains of tuberculosis

Meningites a meningocoque du serogroupe W135 : etude de 148 cas observes au Burkina-Faso

L'objectif de ce travail etait d'etudier les aspects bacteriologique; clinique et evolutif de la meningite a meningocoque du serogroupe W135 observee au cours des epidemies de meningites qui ont frappe le Burkina Faso en 2002 et en 2003 a trave rs l'etude de 148 cas identifies grace a l'examen bacteri o l ogique du LCR. Les meningites a meningocoque W135 ont ete observ e e s tout au long de l'annee; avec un maximum de cas autour de la 14e semaine. Il ap p a rait une legere predominance masculine (56;1) et les jeunes de un a 15 ans ont ete les plus touches avec 81;7des cas. Le delai moyen d'hospitalisation a ete 2;6 jours et la duree moyenne d'hospita- lisation de 5;5 jours. Les signes cliniques les plus frequents ont ete la fievre (98;6); la raideur de la nuque (90;5); les signes de Brudzinski (85;1); les signes de Kernig (66;2); les tro u bles de la conscience (41;9); les vomissements (36;5) et les cephalees (34;5). Dans la majorite des cas; le traitement curatif a ete fait par administra- tion de chloramphenicol huileux en dose unique. La letalite globale qui a ete de 15;5ne semble influencee ni par le sexe ni par l'age. Sur les 23 cas de deces; 17 sont surve nus dans les 24 heures qui ont suivi l'hospitalisation des patients; cinq le deuxieme jour et un dernier le 5eme jour. Les signes cliniques constamment associes a un mauvais pronostic ont ete les troubles de la conscience; les etats de choc et les convulsions. Il apparait une association letalite/delai d'hospitalisation en effet; plus tot le patient est pris en charge plus ses chances de survie sont importantes. L'etude de la sensibilite de 102 souches a montre la grande sensibilite des meningocoques W135 a la penicilline G; a l'ampicilline; a la ceftriaxone et au ch l o ramphenicol et leur resistance aux sulfamides. En defi n i t ive; le meningocoque W135 semble peu diff e rent du meningocoque A sur les plans cl i n i q u e; epidemiologique et bacteri o l ogique d'ou la necessite de continuer a maintenir des actions de sensibilisation pour une prise en charge rapide des cas

Aspects epidemiologiques et cliniques de l'infection a helicobacter pylori en zone tropicale : a propos de 150 patients a l'hopital national de Ouagadougou (Burkina Faso)

Les auteurs rapportent les aspects epidemiologiques et cliniques de l'infection a Helicobacter pylori a l'hopital national de Ouagadougou (Burkina Faso) a propos d'une etude prospective interessant 150 patients presentant des symptomes digestifs et ayant beneficie d'une fibroscopie digestive haute entre le 15 avril et le 14 septembre 1994. La recherche d'helicobacter pylori s'est faite par le test de l'urease; la bacteriologie et l'histologie. Les malades etaient ages de 10 - 78 ans (moyennes = 35;5 et 14 ans comprenaient 79 femmes et 71 hommes (52;7 pour cent et 43;3 pour cent). Le germe a ete mis en evidence chez 81;3 pour cent des patients mais il n'a pas ete note de difference significative par rapport a l'age; au sexe; a l'origine (urbaine ou rurale); aux conditions socio-economiques et au nombre des personnes vivant dans la meme concession : ceci s'expliquerait par le fait qu'en Afrique; tout individu pris a l'age adulte et quel que soit son niveau socio-economique; a vecu une enfance dans un environnement propice a la contamination. Quant aux manifestations cliniques 92 pour cent des patients se plaignaient de douleurs abdominales et 53;3 pour cent presentaient un syndrome dyspepsique. Helicobacter pylori a ete mis en evidence dans 75;5 pour cent des cas le premier groupe et etait plus frequemment rencontre dans les cas de brulures (63 pour cent) et dans le siege epigastrique de la douleur (69;6 pour cent). Dans le groupe des dyspesiques les germes etaient retrouves chez 86;2 pour cent des patients et etaient notes dans tous les cas de ballonnements et d'eructations. Cependant aucun element clinique n'a ete significativement retrouve lie a la presence de Helicobacter pylori

Aspect bacteriologique de la poussee meningitique de 1995 au Centre Hospitalier National Yalgado Ouedraogo (CHN-YO)de Ouagadougou; Burkina Faso

De janvier a mai 1995; les auteurs ont observe; comme chaque annee a la poussee de meningite qui s'est traduite par une augmentation sensible du nombre des hospitalisation au service des maladies infectieuses et en pediatrie. Au total 856 liquides cephalo-rachidiens ont ete soumis a un examen bacteriologique et cytologique. Cent trente-six (136) germes ont ete observes a l'examen microscopique direct; 93 souches bacteriennes isolees ont permis la realisation de 93 antibiogrammes. Des taux de sensibilite tres variables ont ete notes par rapport a l'Ampicilline; l'association Amoxicilline-acide clavulanique; au Chloramphenicol et au Sulfamethoxazoltrimethoprime. Les enfants de moins de 15 ans et les patients du sexe masculin ont ete les plus touches

Meningites purulentes a Neisseria meningitis Y: a propos de deux cas observes au Centre Hospitalier National Yalgado Ouedraogo (CHN-YO) de Ouagadougou

Dans cette etude; les auteurs rapportent deux cas traites et gueris de meningite cerebro-spinale due au serotype Y de Neisseria meningitidis dans une region ou les methodes de diagnostic ne permettent de detecter que les antigenes A et C du meningocoque. Ils soulevent ainsi un probleme assez frequemment vecu dans les laboratoires africains qui n'arrivent pas souvent a faire une identification complete des souches becteriennes isolees. Ils soulevent egalement le probleme de vaccination qui est un probleme de sante publique dans la mesure ou les vaccins actuellement disponibles en Afrique ne protegent que contre les serotypes A et C de Neisseria meningitidis

Meningites a Salmonella a Ouagadougou; Burkina Faso: etude retrospective de 24 cas observes entre 1984 et 1993

"Les auteurs rapportent des aspects epidemiologiques relatifs a 24 cas de meningites a Salmonella diagnostiques entre 1984 et 1993 au laboratoire de Bacteriologie du Centre Hospitalier National Yalgado Ouedraogo (CHN-YO) de Ouagadougou. 13 des 24 cas sont survenus chez des enfants de moins de 12 mois et 18/24 chez des enfants de moins de 3 ans; 14 des 24 patients etaient du sexe masculin. Salmonella typhi a ete le serotype le plus frequement en cause. Une etude de la sensibilite des souches a ete faite en faisant les disques d'Ampicilline (AMP); d'Amoxicilline + acide clavulanique (AMC); de cefotaxime (CTX); de Gentamicine (GEN); de Chloramphenicol (C) et de Sulfamethoxazol-trimethoprime (SXT); mais les differences de sensibilite aux antibiotiques n'etaient pas significatives du fait des petits nombres de souches testees. 10 cas de guerison ont ete observes contre 8 cas de deces et 6 ""evasions"""

Septicemies a Salmonella au Centre Hospitalier National Yalgado Ouedraogo (CHN-YO) de Ouagadougou; Burkina Faso

"Entre janvier 1984 et decembre 1993; 12.843 hemocultures ont ete analysees au laboratoire de Bacteriologie du Centre Hospitalier National Yalgado Ouedraogo (CHN-YO) de Ouagadougou; au Burkina Faso: parmi les 2.211 (17;2 pour cent) hemocultures positives observees; 1.540 (12;0 pour cent) etaient observees dues a des Salmonella; soit 69;6 pour cent des cultures positives. Le serotype Typhi representait 69;7 pour cent des isolats; les salmonelles paratyphiques 10;8 pour cent et les salmonelles dites ""mineures"" 19;5 pour cent. La repartition mensuelle des cas a montre une recrudescence des salmonelloses pendant l'hivernage; de juin a octobre. L'etude de la sensibilite des souches aux antibiotiques in vitro a permis d'observer un important taux de resistance au Cotrimoxazol (47;1 pour cent) et des sensibilites moyennes aux Cyclines (73;8 pour cent); a l'Ampicilline (79;5 pour cent) et a l'Amoxicilline (85;8 pour cent). Les plus importants taux de sensibilite ont ete obtenus avec les Cephalosporines de troisieme generation (93;1 pour cent); le Chloramphenicol (95;7 pour cent) et les Fluoroquinolones (100 pour cent)"

Diagnostic specifique de types retroviraux dans les infections a VIH et HTLV-1 au Burkina Faso (Afrique de l'Ouest)

Cette etude vise a determiner l'importance des co-infections VIH/HTLV dans une zone d'endemie des infections par le VIH au Burkina Faso; et evaluer le diagnostic specifique de chaque type retroviral implique dans ces infections grace a des proteines recombinantes d'enveloppe de VIH-1; de VIH-2; de HTLV-1 et de HTLV-2. Pour y parvenir 419 serums ont ete collectes a Bobo-Dioulasso et a Banfora de juin 1990 a juillet 1991; chez 25 (6 pour cent) patients souffrant de maladies sexuellement transmissibles (MST); chez 58 (13;8 pour cent) patients atteints de SIDA et de syndromes apparentes; chez 126 (30;1 pour cent) femmes enceintes et 44 (10;5 pour cent) de leurs epoux et chez 166 (39;6 pour cent) autres sujets temoins. 88 des 419 (21 pour cent) sujets examines etaient infectes par des retrovirus. Les auteurs concluent que les retrovirus sont presents au Burkina Faso; avec une importante prevalence pour les VIH et un taux relativement encore faible pour le HTLV-1. Le HTLV-2 semble absent. Les cas de co-infections VIH/HTL (0;5 pour cent) sont encore rares; alors qu'ils sont importants pour les doubles profils VIH-1/VIH-2 (4;3 pour cent). Les proteines recombinantes etudiees se sont montrees tres efficaces et ont permis d'etablir le diagnostic specifique de types des infections retrovirales associees aux VIH et au HTLV-1